Manuel Bonilla governou Honduras em dois períodos, de 1903 a 1907 e de 1912 a 1913, deixando um legado político repleto de controvérsias.

Durante seus mandatos, Bonilla foi responsável por lançar as bases de instituições modernas no país, entre elas o Partido Nacional de Honduras. No entanto, sua trajetória também é marcada por uma forte aliança com a empresa norte-americana United Fruit Company, à qual concedeu amplos privilégios.

Em troca de apoio financeiro, Bonilla ofereceu generosas concessões à United Fruit, incluindo direitos de exploração de recursos naturais e facilidades para o desenvolvimento de infraestrutura. Esse relacionamento contribuiu para que Honduras se tornasse o arquétipo da chamada "república das bananas", expressão popularizada por O. Henry em seu livro "Repolhos e Reis".