O vice-presidente de Futebol Amador da FAF, Daniel Paes, e o diretor de Competições, Luciano Sampaio, comandaram o sorteio dos Grupos. Semifinalistas do Campeonato Alagoano Sub 20 do ano passado, CRB, Sete de Setembro, Coruripe e ASA ficaram como cabeças de chave. Os quatro Grupos da Primeira fase foram sorteados da seguinte forma:

Na primeira fase, os times jogam entre si em sistema de ida e volta, perfazendo o total de oito jogos para cada equipe. Os dois primeiros colocados de cada Grupo avançam para a Segunda fase, que terá dois grupos de quatro times, jogando entre si, em sistema de ida e volta. A composição dos grupos na segunda fase será da seguinte forma:

GRUPO E: 1º do A, 2º do B, 1º C e 2º do D;

GRUPO F: 2º do A, 1º do B, 2º do C e 1º do D.

Os dois primeiros colocados dos grupos ao final da segunda fase estarão classificados para a semifinal. Os vencedores disputam a final do Campeonato Alagoano Sub 20 e estarão classificados automaticamente para a Copa São Paulo de Futebol Júnior 2018.